Si trova nel centro della regione, fra le grandi montagne delle Sierra Nevada sul est e la Sierra La Culata sul nord. La cima più elevata del paese, il Pico Bolivar (4.987 m s.l.m.), è visibile difronte alla città.

Ci sono due aeroporti che servono la città di Mérida. L'aeroporto di El Vigia, proprio ad un'ora dalla città, è il più importante e serve con voli regolari tra Caracas e l'isola di Margarita.