Coyhaique presenta un clima frío oceánico de bajas temperaturas, con abundantes precipitaciones, fuertes vientos y humedad. Sin embargo, debido a las características del relieve donde se emplaza la comuna, se identifican diferentes tipos de climas, ya que se encuentra protegida por la cordillera de los Andes, la que provoca una disminución de las precipitaciones en comparación con el sector de los archipiélagos.

El sector centroeste de la cuenca de Aysén, representado por Coyhaique y Valle Simpson, está influenciado por el clima de estepa fría que se presenta en la vertiente oriental de los Andes de la región de Aysén. El efecto de la «sombra de lluvia» tiene un rol importante en este sector, y los valores de las precipitaciones anuales bajan desde 1385 mm en Coyhaique hasta 400-600 mm anuales en la frontera con Argentina.

Las temperaturas son generalmente bajas, siendo enero el mes con las temperaturas más altas y julio con las más bajas; de esta manera, las temperaturas medias fluctúan entre 12 °C y 14 °C en enero y bajan entre 2 °C y 3 °C en julio.

A marzo de 2024, LATAM Airlines, Sky Airline y JetSMART tienen múltiples servicios diarios directo a Coyhaique desde Santiago (2 h 25 min). Muchos de estos vuelos tienen además escalas en Puerto Montt (1 h 10 min), permitiendo conectar Coyhaique con dichas ciudades. Adicionalmente, JetSMART mantiene 3 frecuencias semanales desde Temuco (1 h 35 min).

Aerovías DAP es una compañía local que posee vuelos de carácter regional, permitiendo reducir las distancias entre las principales ciudades de la Región de Magallanes. A marzo de 2024, DAP tiene un servicio semanal a Coyhaique (1 h 30 min).

El aeródromo también es el punto de partida de aviones pequeños hacia las pequeñas pistas de aterrizaje de diversas localidades de la región de Aysén. Muchas compañías de autobuses ofrecen un servicio de transporte hasta allí.

Transporte del aeropuerto a Coyhaique. Hay minivans por $9000 en un viaje de 50 minutos. A Puerto Aysén $14 000 y toma 1 hora con 50 minutos (a abril de 2024). Las empresas que ofrecen este servicio disponen de mesones en la recogida de equipajes. El servicio de regreso se puede reservar en sus oficinas en Coyhaique.

Numerosos autobuses recorren la Carretera Austral y paran en Coyhaique durante la temporada alta, convirtiendo a la ciudad en un importante centro de conexiones de buses en la región. Desde el norte, 2 buses/semana desde Chaitén ($24 000, 12 h), 1 diario desde La Junta, 1 diario desde Puerto Cisnes. Hacia el norte a Puerto Montt 3 buses/semana a las 15:00 ($70 000) o a Chaitén (directo solo Lun y Mar a las 07:00 $24 000); de otro modo van a Futaleufú y la conexión será al día siguiente a Chaitén por $2200. Hacer autostop desde Villa Santa Lucía es una opción para saltarse la estadía en Futaleufú.

La ciudad está en la Carretera Austral hacia Puerto Montt. Hay pasos fronterizos abiertos todo el año que conectan bien la localidad con la Ruta Nacional 40 argentina y Comodoro Rivadavia.

Coyhaique en sí está tierra adentro y no tiene puerto. Puerto Aysén y Puerto Chacabuco están a solo 50 km y están bien comunicados. Desde aquí Navimag y Naviera Austral ofrecen ferries con conexiones a la isla principal del archipiélago de Chiloé y a la ciudad portuaria de Quellón. Consulte sus sitios web para conocer los horarios y precios actuales. Desde Puerto Chacabuco, autobuses regulares lo dejarán en Coyhaique.